De IJsselsteinse Gijsbrecht was een neef van de roemruchte Gijsbrecht van Amstel, die betrokken was bij de moord op de Hollandse graaf Floris V. Zijn Hollandse verwanten wensten hun macht ten koste van de Utrechtse bisschop te vergroten en de Hollandse graaf Floris V maakte hiervan dankbaar gebruik om de Van Amstels tegen de Utrechtse bisschop op te zetten. Dat resulteerde in een oorlogje, waarin de bisschop bij Zuilen werd verslagen. Koren op de molen van Floris. Hij dwong de bisschop tot een vredesverdrag dat hem, de graaf, veel macht in het Sticht gaf. Floris zelf had echter geen zin om in dezelfde valkuil terecht te komen en poogde daarom de opstandige edelen in het gareel te krijgen. Hij had echter een storm ontketend die ook hij niet kon beheersen. Floris werd door enkele deze edelen gekidnapt en vermoord. In het complot zat ook de Hollandse Gijsbrecht van Amstel.
Omdat de IJsselsteinse Gijsbrecht zich van zijn oom distantieerde, had deze misdaad aanvankelijk voor hem geen gevolgen. Toen echter de nieuwe Hollandse graaf eiste dat het kasteel IJsselstein ter zijner beschikking werd gesteld, weigerde Gijsbrecht. Hij was tenslotte leenman van de bisschop, niet van de graaf. Het gevolg was een belegering. Het kasteel werd in 1296 door Bertha, de vrouw van Gijsbrecht, met een kleine bezetting een jaar lang succesvol verdedigd. Bertha verloor de strijd uiteindelijk.
De helft van het garnizoen werd afgemaakt, maar dat bleek niet het einde van de familie Van Amstel. Ze was inmiddels namelijk leenman van de Hollandse graaf, die de gebieden van de Van Amstels rond Benschop en die van de Van IJsselsteins in handen had gekregen. Al snel verzoende ze zich met de graaf en ging verder met het uitbouwen van haar machtsbasis in IJsselstein.