Hout is lastig te conserveren. Watermoleculen in de holle houtcel verdampen en dan klapt de cel in elkaar. Zodra de watermoleculen de cel verlaten, moet de ruimte met iets anders worden opgevuld. Dat is het conserveren van het hout. Zo lang de opvulling niet voorhanden is, moet het hout nat worden gehouden. Dat gebeurde ook met het Utrechtse schip, totdat na een internationale zoektocht een behandeling met creosoot uitermate geschikt bleek om het scheepswrak te conserveren. Het werd kokend heet aangebracht, waardoor het water in de houtcellen meteen verdampten. Daarnaast gebruikte men lijnolie. Creosoot heeft een opvallende geur en die is het handelsmerk van het schip en ook een beetje van het museum geworden. Toen het museum in 1999 aankondigde dat de geur zou verdwijnen, reageerden vaste bezoekers teleurgesteld. Het verdwijnen van de geur zou een gevolg zijn van de behandeling met polyethyleenglycol (PEG), een kunsthars waarmee hout tegenwoordig wordt geconserveerd. Tijdens de restauratie van 1998-2000 hebben medewerkers van het Nationaal Museum van Denemarken PEG over de scheepstijd gesprayd. Onder de directe oppervlakte voldeed de conservering met creosoot nog volledig. Het laagje PEG is inmiddels poreuzer geworden en het schip ruikt weer als vanouds.