Hubert Duifhuis (1515-1581) speelde een bijzondere rol tijdens de Reformatie in Utrecht. In 1574 kwam hij, samen met zijn gezin, naar Utrecht en werd medepastoor van de Jacobikerk. Vanaf 1577 stopte hij met het afnemen van de biecht en begon te preken tegen misstanden in de katholieke kerk. In juni 1578 vroeg hij het stadsbestuur om te mogen preken in 'gereformeerde' zin, omdat zijn geweten hem hiertoe dwong. Deze heldere vraag bracht de Raad in verlegenheid en onder druk van de kapittels weigerden ze toestemming. Daarop verliet Duifhuis de stad. Al in augustus kwam hij terug, op uitdrukkelijke verzoek van het stadsbestuur om voor zijn parochie 'het woord van God zoals het behoort en zoals hij dat voor God verantwoorden wil' te preken.
Duifhuis kwam met zijn tolerante houding te staan tegenover andere calvinisten, de 'consistorialen'. Voor hen was de kerkenraad of consistorie van groot belang, terwijl Duifhuis vond dat de Kerk niet tussen de God en de mensen in moest staan. Hij verzette zich ook tegen de tuchtmaatregelen die zijn tegenstanders hanteerden. Duifhuis en zijn volgelingen - de 'Duifhuisianen' - hadden een grote invloed op Utrecht direct na de reformatie. Hubert Duifhuis en zijn vrouw Krijntje Pietersdochter zijn begraven in de Jacobikerk.