Godine 1933. Adolf Hitler dolazi na vlast u Nemačkoj. Hitler je bio vođa Nacionalsocijalističke nemačke radničke partije koja je zagovarala ideje antisemitizma. Ova partija je iskoristila nezadovoljstvo mnogih Nemaca zbog ponižavajućeg načina na koji je Nemačka bila tretirana nakon Prvog svetskog rata. Hitler je želeo da od Nemačke stvori najmoćniju državu u Evropi. Prvo je napao Austriju, Čehoslovačku i Poljsku, a potom je planirao da eliminiše najvećeg nemačkog neprijatelja u Zapadnoj Evropi: Francusku. Prilikom napada na Francusku, zauzeće i Holandiju i Belgiju.
U petak ujutro, 10. maja 1940. godine mnoge Holanđane probudilo je hučanje aviona, eksplozije bombi i brujanje tenkova. Nemački vojnici prešli su granicu i počeo je rat. Holandska vojska nije bila dovoljno jaka da se odupre nemačkom napadu. Nakon što su Nemci bombardovali centar Roterdama i zapretili da će isto učiniti i sa ostalim gradovima, holandska vojna komanda odlučila je da kapitulira. Vlada i kraljica su u tom trenutku već bili emigrirali u Englesku.
U početku je delovalo da okupacija neće biti tako strašna, međutim, ubrzo je postalo jasno šta znači gubitak slobode. Muškarci su bili prinuđeni da rade u nemačkim fabrikama. Građani su takođe odvođeni u zatvore i koncentracione logore bez ikakvog sudskog postupka. Naročito su se proganjali Jevreji. Nemci su teretnim vozovima iz Holandije deportovali više do 100.000 muškaraca, žena i dece jevrejskog porekla u koncentracione logore, gde je većina njih pogubljena.
Nemcima su u Holandiji pomagali članovi holandskog Nacionalsocijalističkog pokreta, koji su imali sličnu ideologiju, zatim oportunisti i profiteri. Nasuprot njima bio je pokret otpora, koji je naročito pred kraj rata stekao mnogo pristalica. Većinski deo stanovništva je bio protiv Nemaca, ali samo pasivno.
U jesen 1944. godine, savezničke trupe oslobodile su južni deo zemlje. Oblast iznad velikih reka (pre svega veliki gradovi u zapadnim provincijama) se pre oslobođenja suočio sa tzv. zimom gladi. Usled ekstremne nestašice hrane umrlo je nekoliko desetina hiljada ljudi. Maja 1945. godine nemački komandant je potpisao predaju i tada je cela Holandija oslobođena. Holandska istočna Indija je u tom trenutku još uvek bila u rukama japanskog okupatora. Japan je kapitulirao 15. avgusta 1945. godine.
