Vanaf het einde van de 16de eeuw werd het protestantisme de overheersende godsdienst in de Nederlanden. De gereformeerde kerk had een bevoorrechte positie ten opzichte van andere godsdienstige stromingen. Vooral de rooms-katholieke gelovigen kregen het soms zwaar te verduren. Het was de rooms-katholieke priesters vanaf 1633 niet langer toegestaan de zielzorg uit te oefenen. Hun plaats in de kerken werd overgenomen door dominees, hoewel het aantal protestanten aanvankelijk erg klein was. De christenen die het "oude" geloof trouw bleven, moesten het lang zonder geestelijke leiding stellen.
Pastoor Smithuis
Het was dan ook een verweesde geloofsgemeenschap die de priester Henricus Smithuis aantrof toen hij in 1680 in Ootmarsum aankwam. Er werden geen erediensten meer gehouden en aan de kerkelijke verplichtingen werd nauwelijks nog voldaan. Smithuis was afkomstig uit Lingen en had in Munster gestudeerd. Bij het klooster Frenswegen had men hem voorgesteld zich over de parochie van Ootmarsum te ontfermen. Op het erve Konink te Halle, op Duits grondgebied buiten het bereik van de Staatse overheid, maar aan de grens van zijn parochie, stichtte hij een kleine kapel voor zijn gelovigen met een schamel onderkomen voor zichzelf. Na verloop van tijd werd een groter gebedshuis ingericht op het naburige erve Holtman, want het zondagse kerkbezoek was blijkbaar boven verwachting. Smithuis had ook zijn verplichtingen in Ootmarsum. Niet alle gelovigen zullen immers in staat zijn geweest voor de eredienst of voor een doop naar Halle te komen, en de stervenden hadden ook zijn bijstand nodig. Alles onopvallend uiteraard of in het geheim. De vele voettochten over het Springendal moeten zwaar geweest zijn.
Schuilkerken
De Ootmarsumse notabelen waren geen scherpslijpers. Ze gedoogden dat Smithuis regelmatig in Ootmarsum verscheen, 's nachts en onopgemerkt, en heimelijk bijeenkomsten met zijn parochianen hield. "Wat geen oog ziet, kwelt geen hart", moeten ze gedacht hebben. De verstandhouding met het stadsbestuur was blijkbaar zo slecht nog niet, want toen deze notabelen in 1700 eens een dagje gingen jagen net over de grens, besloten ze een bezoekje te brengen aan pastoor Smithuis. De burgervaderen waren onaangenaam getroffen door de armoede en afzondering waarin de pastoor leefde. Pastoor Smithuis besefte dat dit zijn kans was en vroeg om een onderkomen in Ootmarsum. En inderdaad: binnen het jaar kreeg hij toestemming om in de stad te wonen en er verborgen voor de buitenwereld zijn werk te verrichten. Op de hoek van Grotestraat en Kapelstraat huurde hij een woning met wat ruimte om er een kapel in te richten. Deze kapel aan de Zuiderpoort was overigens niet de enige plaats waar de katholieken samenkwamen. Voor de zon- en feestdagen was er bijvoorbeeld net buiten Ootmarsum, tussen erve Vinkeboer en de Weerselosestraat en erve Scholte Splinterink aan de Laagsestraat, een andere plaats van samenkomst. Pastoor Smithuis ‒ later aartsdiaken ‒ breidde in de loop der jaren zijn werkterrein uit. Het verzorgingsgebied van zijn assistenten reikte tot Almelo.
Kloppen of klöpkes
In deze moeilijke jaren voor de katholieken speelden de zogeheten kloppen of klöpkes een belangrijke rol. Klöpkes waren vrome vrouwen die allerlei taken vervulden om het parochiewerk enigszins gaande te houden De klöpkes onderhielden de communicatie tussen de pastoor en de parochianen. Zij waarschuwden de gelovigen als er een kerkdienst gehouden werd en hielden zich bezig met godsdienstonderwijs. Klöpkes waren ongehuwd en leefden gewoonlijk in een eigen huisje, vaak op een boerenerf. In de volkstellinglijst van 1748 staat bijvoorbeeld te lezen: "Fenne in Vinken bakhuys, een kloppe".
Papenhater
Met de komst van drost Sigismund V.G.L. van Heiden Hompesch in 1769 braken er voor de katholieken slechte tijden aan. Deze drost stond bekend als 'papenhater'. Hij trad met harde hand op. Twee vrouwen van de familie Hesselink bijvoorbeeld, die in 1777 besloten hadden tot het rooms-katholicisme terug te keren, werden gevangen gezet in het Huis Ootmarsum, de residentie van de drost. De Bataafs-Franse tijd bracht tenslotte formeel een einde aan de achterstelling van niet-gereformeerde godsdiensten. Koning Lodewijk Napoleon proclameerde in 1810 de scheiding tussen Kerk en Staat: de overheid had zich niet langer met godsdienst te bemoeien. Zo werden de verhoudingen tussen de Ootmarsumse christenbroeders onderling wat meer in evenwicht gebracht. De kerk kwam weer in bezit van de rooms-katholieken en de protestanten kregen een nieuwe kerk aan de Ganzenmarkt.
