Het Oversticht, waartoe Twente behoorde, raakte rond 1500 betrokken bij de Gelderse oorlogen, waarin hertog Karel van Gelre zijn machtsgebied in het oosten van de Nederlanden probeerde uit te breiden. In deze streken kwam hij daarmee allereerst in conflict met de landsheer, de bisschop van Utrecht, die echter niet in staat bleek het gebied afdoende te verdedigen. Uiteindelijk had rond 1520 alleen Oldenzaal nog een bisschoppelijk garnizoen.
Gelderse inval
Bij een Gelderse inval in Twente in 1517 werd Enschede
volledig verwoest. Het jaar erop werd begonnen met de wederopbouw.
Bij de herbouw van de kerk hoorde ook het gieten van nieuwe klokken
(de "Maria" en de "Jacobus"). Dat gebeurde op de "Klokkenkamp",
naast het huidige Boerenkerkhof. De stad kreeg van de bisschop het
recht een aantal markten te houden. Een gewone markt op dinsdag en
twee jaarmarkten: de eerste op donderdag na Pasen en de tweede op
de eerste werkdag na St. Maarten (11 november). Aan de jaarmarkten
was een kermis verbonden; in november de zogenoemde. "koale
kermis". Markten trekken veel bezoekers van buiten de stad en
leverden dus inkomsten op. Enschede heeft nog steeds de markt op
dinsdag en de kermis met Pasen en in de herfstvakantie.
Bezet
In 1523 leidde een plundertocht van bisschoppelijke troepen uit
Oldenzaal tot het in vlammen opgaan van de Noordmolen. De stad
kreeg in hetzelfde jaar een Gelderse bezetting. Op de Markt werd
een blok- of wachthuis opgetrokken. Het bleef er tot 1531 staan.
Toen de bisschop van Utrecht een financiële overeenkomst met Karel
van Gelre niet nakwam, trok laatstgenoemde de bisschopsstad Utrecht
binnen. Een interventie van keizer Karel V van het Duitse rijk
leidde in 1528 vervolgens tot het opgeven door de bisschop van zijn
wereldlijke macht in het Oversticht.
Gewestelijk bestuur
Overijssel werd vanaf 1528 één van de gewesten van de
Nederlanden. Het gewest bestond uit drie kwartieren (Twente,
Salland en Vollenhove) en werd bestuurd door de Staten: de
Ridderschap en de steden Deventer, Kampen en Zwolle. De Ridderschap
werd gevormd door de bezitters van de riddermatige havezaten in
Overijssel; daaronder de in 1569 door Herman Ripperda gebouwde Hof
van Boekelo. Aan het hoofd van het gewest stond een door de
Staten-Generaal in Brussel benoemde stadhouder. De stad Enschede
was niet rechtstreeks bij het bestuur van Overijssel betrokken,
maar wel via één vertegenwoordiger voor de tien kleine steden. De
stad werd in deze periode op gezag van het gewestelijk bestuur ook
"ontvest", van zijn verdedigingswerken ontdaan. De grachten rond de
stad bleven wel bestaan.