W 1933 roku władzę w Niemczech przejął Adolf Hitler. Hitler był członkiem NSDAP, partii propagującej nienawiść wobec Żydów. Partia umyślnie wykorzystywała urazę i pretensje wielu Niemców dotyczące sposobu, w jaki potraktowano Niemcy po I wojnie światowej. Hitler pragnął uczynić Niemcy najsilniejszym imperium Europy. Najpierw zaatakował Austrię, Czechosłowację i Polskę, następnie chciał wyeliminować swojego największego przeciwnika w Europie Zachodniej - Francję. W trakcie ataku na Francję miały zostać podbite także Holandia i Belgia.
W piątkowy poranek 10 maja 1940 roku wielu Holendrów zbudził dźwięk nadlatujących samolotów, wybuchy bomb i hałas nadjeżdżających czołgów. Niemieccy żołnierze przekroczyli granicę. Rozpoczęła się wojna. Holenderskie wojska były zbyt słabe, by odeprzeć atak wroga. Po zbombardowaniu przez Niemców centrum Rotterdamu i groźbie, że inne miasta spotka ten sam los, holenderskie dowództwo wojskowe podjęło decyzję o kapitulacji. Rząd i królowa zdążyli już wcześniej schronić się w Anglii.
Początkowo okupacja nie niosła za sobą istotniejszych zmian i skutków, jednak szybko stało się jasne, co oznacza pozbawienie wolności. Holenderskich mężczyzn zmuszano do pracy w niemieckich fabrykach. Ponadto ludzi zamykano w więzieniach i obozach koncentracyjnych bez przeprowadzenia procesu. Prześladowania dotyczyły zwłaszcza Żydów. Niemcy deportowali w wagonach bydlęcych ponad 100 tysięcy żydowskich mężczyzn, kobiet i dzieci z Holandii do obozów koncentracyjnych, w których większość z nich została zamordowana.
Niemcy wspierani byli przez kierujących się podobną ideologią członków Narodowo-Socjalistycznego Ruchu Holenderskiego (NSB), innych zwolenników oraz tych, którzy szukali korzyści. Z drugiej strony, w Holandii działał także ruch oporu, który tuż przed końcem wojny zyskał spore poparcie społeczne. Większość społeczeństwa wykazywała nastawienie antyniemieckie, jednak pozostawała bierna.
Jesienią 1944 roku wojska alianckie wyzwoliły południową część kraju. Na obszarach ponad "wielkimi rzekami", zwłaszcza w miastach zachodnich prowincji, zapanowała klęska głodu. Z powodu braku żywności ludność była słaba i wyczerpana, dziesiątki tysięcy ludzi zmarły z głodu. W maju 1945 roku przywódcy Niemiec podpisali akt kapitulacji. Holandia znów była wolna. W tym czasie Holenderskie Indie Wschodnie nadal pozostawały w rękach japońskich okupantów. Japonia skapitulowała 15 sierpnia 1945 roku.
