Proklamasi. Kami bangsa Indonesia dengan ini menjatakan kemerdekaan Indonesia…
My, naród indonezyjski, niniejszym ogłaszamy niepodległość Indonezji…
Tymi słowami podczas uroczystości na ulicach Dżakarty Ahmed Sukarno obwieścił światu 17 sierpnia 1945, że kolonialne Holenderskie Indie Wschodnie należą już do przeszłości. Dwa dni wcześniej, po zrzuceniu bomb atomowych na Hiroszimę i Nagasaki, Japonia skapitulowała, co oznaczało koniec II wojny światowej w Azji.
Jeszcze przed II wojną światową w Holenderskich Indiach Wschodnich istniał działający na szeroką skalę ruch walczący o prawo do samostanowienia. Niektórzy domagali się tylko przyznania większej autonomii, natomiast przywódcy tacy jak Sukarno, Mohammad Hatta i Sutan Sjahrir pragnęli całkowitego wyzwolenia spod rządów Holandii. Holenderskie władze panowały jednak nad sytuacją.
Wtem w 1942 roku nastąpił atak Japonii. 27 lutego siły zbrojne aliantów przegrały bitwę na Morzu Jawajskim, a 8 marca podpisano akt kapitulacji. Żołnierze stali się jeńcami wojennymi, większość holenderskiej ludności cywilnej zesłano do obozów, a wielu mężczyzn skazano na przymusowe roboty. Japończycy obalili holenderski system rządów w Indiach i de facto położyli kres istnieniu Indii Holenderskich.
Po 1945 roku Holandia podejmowała próby przywrócenia dawnego porządku na drodze pertraktacji, a także siłą (przeprowadzając dwie tzw. akcje policyjne). Niemniej, 27 grudnia 1949, pod rosnącym naciskiem ze strony innych państw, Holandia uznała niepodległość Indonezji. Ze strefy holenderskich wpływów najpóźniej - bo dopiero w 1962 roku - wyjęta została Nowa Gwinea, którą po okresie przejściowym pod nadzorem ONZ i przeprowadzeniu kontrowersyjnego referendum wśród Papuasów ostatecznie wcielono do terytorium Indonezji. Dlatego też od 1969 roku granice dzisiejszej Republiki Indonezji pokrywają się z granicami ówczesnych Indii Holenderskich.
Podczas walk o niepodległość nieustannie dochodziło do brutalnych starć. Do końca lat sześćdziesiątych łącznie ponad 300 tys. Holendrów (również pochodzenia indonezyjskiego), Papuasów i Indonezyjczyków opuściło kraj. Większość udała się do Holandii. Wśród nich było 12.500 molukańskich żołnierzy dawnej Królewskiej Armii Holenderskich Indii Wschodnich wraz z rodzinami. W 1951 roku przybyli do Holandii, kończąc tym samym służbę wojskową.
Historia dekolonizacji tego obszaru nie dobiegła jeszcze końca. W 2005 roku holenderski minister spraw zagranicznych Bernard Bot wziął udział w uroczystościach z okazji sześćdziesięciolecia niepodległości Indonezji. Holandia uznała tym samym, że niezależna Indonezja narodziła się nie w 1949 roku, ale już 17 sierpnia 1945 roku. Bot wyraził ubolewanie i przyznał, że w tamtych czasach Holandia stanęła "że tak powiem po złej stronie historii", przez co wyrządziła liczne krzywdy. Dla wielu pokrzywdzonych w Holandii było to ważne oświadczenie, gdyż pozwoliło na konfrontację z faktami.
