Op 29 september 1407 geeft graaf Willem VI van Holland toestemming voor het oprichten van een "cappelrien" (=stichting voor de bezoldiging van een kapelaan) in het Sint Joris Gasthuis.
Op 30 september 1407 geeft het Delftse stadsbestuur een opgave van de inkomsten voor het onderhoud van de kapelaan.
Frederik van Blankenheim, de bisschop van Utrecht, geeft op 3 oktober 1407 in een brief goedkeuring en stelt de eerste kapelaan aan: Gerard van der Burch.
Een aanmoediging om zieken te verzorgen was het privilege van graaf Willem VI uit 1411 waarin werd bepaald dat wanneer iemand overlijdt in het Gasthuis de nalatenschap voor een groot deel mocht worden behouden door het Gasthuis. Dat was bij dat privilege ook het geval voor het Oude Gasthuis.
In het naastgelegen gasthuis (Baaierd of Beyaert genaamd) konden vreemdelingen tijdelijk worden ondergebracht. In 1480 werd bepaald dat het Oude Gasthuis alleen voor mannen werd bestemd en dat in het Sint Joris Gasthuis alleen vrouwen mochten blijven slapen.
Van 1572 tot 1576 werd de kapel gebruikt als oorlogshospitaal.
Op 16 maart 1573 kwam er een verbod om in de kapel katholieke diensten te houden. Dat was al eerder in andere Delftse kerken verboden.
Op 23 mei 1577 besluiten de Staten van Holland om kloostergebouwen in eigendom over te dragen aan stedelijke overheden.
