Het landschap rondom Huizen is al meer dan 100.000 jaar bewoond. De eerste bewoners waren Neanderthalers. Zij waren nomaden en leefden van jagen en verzamelen. De Neanderthalers maakten vuistbijlen, speerpunten en andere werktuigen van vuursteen, die onder meer gevonden zijn in de jachthaven bij Huizen. De leefwijze van de moderne mens was duizenden jaren lang gelijk aan die van de Neanderthalers, zo blijkt uit de ontdekking van een werkplaats met duizenden werktuigen van kwartsiet op de Naarder Eng.
Aan het einde van de Steentijd, omstreeks 5.400 v. Chr., gingen mensen steeds meer op vaste plaatsen wonen. Tenten werden vervangen door houten boerderijen en landbouw en veeteelt deden hun intrede. Zo ontstonden rond 3.000 v. Chr. de eerste boerennederzettingen in het Gooi. De bewoners beheersten de kunst van het pottenbakken en gebruikten stenen bijlen om bossen te kappen, waarvan verschillende fragmenten zijn gevonden. Ook zijn uit deze periode grafheuvels bekend, bijvoorbeeld bij de Langerhuizenweg in Bikbergen.
Een tweede grote omwenteling was de komst van de Romeinen naar de Lage Landen. Het Gooi lag slechts op 16 km afstand van de grens van het Romeinse Rijk en de inheemse bevolking onderhield waarschijnlijk (handels)contacten met de forten langs de grens, zo blijkt uit de vondst van Romeinse munten in het gebied tussen Naarden en Huizen. Niet voor niets is het oudste schrift van het Gooi Latijn.
Pas veel later, onder invloed van Karel de Grote (742-814), ontstonden de eerste Gooise dorpen, zoals Laren en Blaricum in Nardingerland of Naerdincklant, zoals het Gooi destijds genoemd werd. Ook het landschap rondom Huizen was bewoond, zo blijkt uit opgravingen van een Karolingische muntschat en een fragment van een vikingring. De eerste vermelding van het dorp Huizen zou echter nog tot 1382 op zich laten wachten.
