De Bataafs-Frans tijd betekende het definitieve einde van de eeuwenoude kloostergemeenschap op het Stift. In het begin van de 19de eeuw waren van de achttien juffers er nog maar drie op het Stift woonachtig. De meesten woonden bij hun ouders of familie, maar kregen nog wel de jaarlijkse uitkering in geld. Het Stift had alleen nog de functie om alleenstaande en onvermogende adellijke juffers te huisvesten en te onderhouden. De Ridderschap ging in 1730 tot een bezuinigingsoperatie over. De drie mooiste stiftshuizen gingen in de verkoop. Eigenaren werden drie adellijke families: Raesfelt, Bellinckhave en Bentinck. Zij braken de huizen af en lieten nieuwe bouwen. Toen de Fransen in 1795 op het Stift kwamen, waren er nog een kerk en enkele andere gebouwen, die niet erg veel meer van een klooster weg hadden. Vanaf dat moment werden geen nieuwe stiftsdames toegelaten. De overgebleven juffers kregen tot hun dood een uitkering.
Het Stift verkocht
De Fransen namen de Ridderschap het gehele bezit van het Stift af, verklaarden het tot domeingoed en verkochten het op 10 juni 1812. Alle vroegere kerkelijke bezittingen vielen hieronder. Het geld ging op aan de vorming en het onderhoud van een groot leger. Over het algemeen kochten de pachtboeren "hun" erf, waar hun voorgeslacht soms eeuwenlang het (ver)bouwrecht had genoten. Niet iedereen beschikte in 1812 over voldoende geld om het erf te kopen. Velen namen een hypotheek van rijke stedelingen om op eigen erf te kunnen blijven wonen en werken. De Domeinen verkochten ook meer dan duizend bomen op de terreinen van het Stift, waaronder het Stiftbos, die vervolgens massaal tegen de vlakte gingen.
De koning bezoekt Weerselo
De Stiftskerk was van de verkoop uitgezonderd. Over het eigendomsrecht van het gebouw was in voorgaande jaren stevig ruzie gemaakt. Lodewijk Napoleon, broer van keizer Napoleon Bonaparte, was in 1806 tot koning van Holland benoemd. Hij wilde in het kader van de ingevoerde godsdienstvrijheid dat elk genootschap over een eigen kerkgebouw kon beschikken. Daarom was een verdeling van kerkelijke goederen noodzakelijk. Om dat alles in goede banen te leiden bezocht hij de provincies. Vanuit Enschede via Oldenzaal, Saasveld en Zenderen kwam de koning op 9 maart 1809 op Huis Almelo aan. De volgende morgen heeft in dat kasteel, waar hij de avond en nacht had doorgebracht, overleg plaatsgevonden met de pastoors en de predikanten van Tubbergen, Geesteren, Vriezenveen, Rossum, Weerselo, Borne en Oldenzaal en maakte hij voor zijn vertrek naar Ootmarsum de kerkverdeling bekend. De geestelijken uit Weerselo, pastoor B.J. Veehof en predikant G.W. Stork, waren het uitermate oneens, zodat Lodewijk besloot een omweg te maken via Weerselo. Hij nam om het conflict op te lossen de kortste weg: van Almelo over de Loolee naar 't Loo (in Dulder) en vandaar per rijtuig naar Weerselo. Omdat de gereformeerde gemeenschap van Weerselo 120 lidmaten telde en de katholieke kerk 900 parochianen omvatte, besloot de koning dat de gereformeerden vanwege de bescheiden grootte van het gebouw de Stiftskerk mochten behouden.
Besluit met verstrekkende gevolgen
Het koninklijk besluit zorgde ervoor dat het bestuurlijke middelpunt van de in 1811 ontstane gemeente Weerselo niet op het Stift bleef, maar meer naar het oosten richting de nieuwgebouwde katholieke kerk werd verplaatst. Het Stift bleef de kern van de gereformeerde (later hervormd genoemde) kerkelijke gemeente. Als de Stiftskerk aan de katholieken was toegewezen, had het Stift zeer waarschijnlijk het middelpunt van het huidige dorp gevormd. De oude Stiftskerk was dan waarschijnlijk door een grotere katholieke kerk vervangen. Van het oorspronkelijke Stift was dan niets bewaard gebleven.
