In 1581 weigerden de Staten Generaal van Holland in het Plakkaat van Verlatinge de koning van Spanje, Philips II, nog langer te gehoorzamen. Door het wegvallen van de landsheer werd ons land een zelfstandige republiek. De legers van Willem van Oranje, Maurits, Frederik Hendrik en hun nazaten vochten voor de vrijheid en zelfstandigheid van de nieuwe republiek. De koning van Spanje wilde zijn heerschappij niet opgeven en stuurde het Spaanse leger naar Nederland. De Tachtigjarige Oorlog was een strijd tussen de koning van Spanje en de Staten Generaal, bestaande uit afgezanten van de zeven gewesten; tussen de onderdanigheid aan de machtige, onaantastbare koning van Spanje en de drang naar zelfstandigheid van een klein land. Het was ook een godsdienststrijd tussen de katholieken en de protestanten, de aanhangers van de nieuwe leer van Luther en Calvijn.
De katholieken
In het midden van de 16de eeuw was het katholieke geloof ook in Oldenzaal onder druk komen te staan. Veel geestelijken leefden niet meer volgens de katholieke leer. De opkomst van de leer van Luther liet de nog grotendeels katholieke bevolking betrekkelijk onverschillig. Maar aanzienlijke burgers eisten gelden terug van renten en vaste eigendommen van de kerk. De bewijzen van vroegere beloftes hierover waren vanaf 1510 bij branden verloren gegaan. In 1559 kwam er in ons land een nieuwe kerkelijke indeling. Nieuw was het bisdom Deventer. Dit bleef tot 1591 bestaan.
Oldenzaal in Staatse handen
In 1584 hadden de Staten Generaal het plan om geheel Twente plat te branden, zodat de Spanjaarden in de oorlog geen toevoer van allerlei zaken konden krijgen. Ook Oldenzaal zou van de landkaart verwijderd worden. Het plan werd slechts ten dele uitgevoerd; Oldenzaal bleef gespaard. In 1597 nam Maurits Oldenzaal in. Tot 1605 was Oldenzaal in Staatse handen. Tijdens die jaren werden de katholieken erg tegengewerkt in het praktiseren van hun geloof. De plechtigheden en de H. Missen werden verboden voor de priesters en de gelovigen. Wel werd een begin gemaakt met de wederopbouw van de huizen die in de 16de eeuw door brand verwoest waren.
Oldenzaal in Spaanse handen
Onder bevel van Spinola werd de stad in 1605 door de Spanjaarden terugveroverd. Van 1609 tot 1621 was het Twaalfjarig Bestand van kracht. Dit was gunstig voor de katholieken in Oldenzaal. De protestantse predikanten moesten vertrekken. De kerk was weer voor de katholieken, ze kregen zelfs geld van de Spaanse koning om het dak te herstellen. Spinola liet een bezetting van 1.000 soldaten achter in Oldenzaal.
1626: verovering van Oldenzaal door Ernst Casimir
In 1626 nam graaf Ernst Casimir van Nassau Oldenzaal definitief in voor de Staatsen met een leger van 12.000 man en achttien stukken geschut. Na 9 dagen onderhandelen gaf de stad zich over. De inname door Staatse troepen had voor Oldenzaal vergaande gevolgen. De katholieke godsdienst werd definitief verboden, de katholieken moesten de Plechemuskerk afstaan aan de protestanten. Het bestuur van het katholieke Oldenzaal kwam in protestantse handen. Het kapittel werd opgeheven nadat de laatste kapitteheer gestorven was, de bezittingen werden verbeurd verklaard. Het Interim van Roozendaal, een verdrag gesloten in 1628 tussen de Republiek en Spanje, bracht enkele jaren wat meer vrijheid voor de katholieken. Maar vanaf 1632 werden de verboden nog strenger dan voor die tijd gehandhaafd.
Einde van de bloei van de middeleeuwse stad
De verdedigingswerken van de stad moesten radicaal ontmanteld worden. Dat werk werd opgedragen aan de bewoners van de stad tussen de 15 en 50 jaar. Er zouden zo'n 2.000 personen aan het werk zijn geweest. Wallen, poorten en muren werden geslecht en de grachten gedempt. Oldenzaal verloor wat haar in de Middeleeuwen tot de belangrijkste stad in Twente had gemaakt, het bloeiend kerkelijk leven en haar verdedigingswerken. In 1644 werden de Bisschopspoort en de Deurningerpoort en enkele verdedigingswerken voor een deel hersteld. Maar de aanvallen, branden en belegeringen van de voorgaande 100 jaar is Oldenzaal niet meer te boven gekomen. De levendige, welvarende, middeleeuwse stad had haar hart verloren. Voor Oldenzaal was de bloei definitief voorbij.
