In 1597 veroverden Staatse troepen onder leiding van prins
Maurits Twente op de Spanjaarden. De protestantse of gereformeerde
kerk, die in deze regio tot dan toe weinig aanhang genoot, kreeg nu
vaste voet aan de grond. De overheid verbood de uitoefening van
andere godsdiensten. In 1601 kregen de Twentse pastoors opdracht om
te verschijnen op de kerkvergadering in Deventer, zo ook pastoor
Jan Manten van Haaksbergen. Hij moest de registers van de
kerkelijke goederen overleggen. Ook werd hij voor de keus gesteld
om de gereformeerde religie te aanvaarden of de pastorie te
verlaten. Manten vroeg een maand bedenktijd, om daarna uit het dorp
te verdwijnen.
De houding van de pastoor was exemplarisch voor veel mensen in
Haaksbergen. Zij bleven liever trouw aan de katholieke kerk. Een
bijzonder verhaal, dat niet in de archieven is vastgelegd, gaat
over "een bende uit Deventer" die zou hebben geprobeerd om de
pastoor en de kapelaan te ontvoeren. De pastoor wist te ontsnappen
en de kapelaan vluchtte in de opkamer van het achter de kerk
gelegen huis De dom van Munster (nu Wereldwinkel). Daar werd hij
gegrepen en met het zwaard gedood. De bloedspatten op de muur en op
de vloer waren niet met schrobben te verwijderen en bleven
zichtbaar tot het huis verdween bij de grote dorpsbrand in
1851.
Overwegend katholiek
Al in 1600 was predikant Gerard Lindenhof naar Haaksbergen gestuurd om het dorp te reformeren. Dit mislukte en Lindenhof verdween in 1605 weer uit het dorp. In dat jaar kwam Twente na inname van Oldenzaal door Spinola weer onder katholieke invloedsfeer. Philippus Rovenius werd aangesteld als vicaris-generaal. Hij moest zorgen dat er overal weer priesters kwamen. Die werden echter door de Staatsen gevangen genomen. Onduidelijk is hoe het verder is gegaan. Want er kwam toch weer een pastoor in functie en Rovenius klaagde dat de pastoors in Twente handelden zoals het hun goeddunkte. In Haaksbergen was dit Christoffer van Broekhuysen, over wie Rovenius zei: "Ik wanhoop eraan hem op betere gedachten te brengen." De bevolking bleef door de dominantie van de Spanjaarden in Twente tijdens de Tachtigjarige Oorlog overwegend katholiek. Pas in 1626 werd Oldenzaal weer staats en de pastores moesten toen kiezen voor de gereformeerde religie of plaatsmaken voor een predikant.
Pastoor Broekhuysen
Onduidelijk was de houding van pastoor Broekhuysen: was die nog steeds paaps of was hij al overgegaan naar de nieuwe religie? Hij had een verhouding met zijn huishoudster, met wie hij ook zou trouwen en bij wie hij kinderen kreeg. In Haaksbergen gaat nog het verhaal dat hij 's morgens de mis had gelezen en diezelfde avond voor de protestanten preekte. De katholieken waren voor hun geloofsuitoefening aangewezen op kapellen langs de grens en op boerderijen waar de mis werd opgedragen. Die kregen de naam van "schuil- of schuurkerken". Bekende boerderijen waar dit gebeurde waren Hofstede (Zuthof kwekerij en tuincentrum) in Holthuizen en Het Hagen (Scholtenhagen) in Langelo. De bisschop van Munster, Bernhard van Galen, bezette in de jaren 1665-1666 en 1672-1674 grote delen van Oost-Nederland. Hij herstelde onmiddellijk de katholieke kerk. Nadien zagen de katholieken hun rechten opnieuw ingeperkt. Voor officiële functies kwamen ze niet meer in aanmerking. De bovenlaag van de bevolking had gekozen voor het protestantse geloof en maakte de dienst uit. In de loop der jaren kwam er meer ruimte voor de katholieke geloofsbeleving. Maar pas in de Franse tijd kregen de katholieken hun kerk terug en werden ze volledig gelijkgesteld aan de protestanten. Al die tijd hadden zij hun geloof alleen in het geheim kunnen beleven in de schuilkerken.
