De Reformatie ‒ de godsdienstige beweging in de 16 de eeuw, die hervormingen in de rooms-katholieke kerk tot stand wilde brengen en leidde tot de oprichting van protestantse kerken - kwam in Staphorst en omgeving relatief laat op gang. Vermoedelijk had dit te maken met de sterke invloed van de kloosters Zwartewater en Dickninge, tot 1580, respectievelijk 1611. De bevolking was over het algemeen arm, gehecht aan tradities en voelde zich veilig onder de kromstaf. Twijfel aan de juistheid van de Roomse leer bestond er desalniettemin bij deze en gene geestelijke. Zoals Heere Geert in Staphorst, ook wel meester Geert geheten, die in Keulen had gestudeerd en gold als een geleerd man. Hij overleed ten tijde van de pest ‒ "omtrent den jare 1588", nadat hij meer dan 40 jaar priester was geweest. "Door de leeken gevraagd, waarom hij zoo lange hen dan de dwaling had geleerd, gaf hij ten antwoord: "Kinderkens, 't is eene vergissing geweest."
Soepele overgang
De overgang van Rome naar Reformatie lijkt in deze streek uiteindelijk vrij soepel verlopen te zijn. Tijdens een synodevergadering in Zwolle werd gezegd "dat de mispaepen ten platten lande daedelic" ontslagen mochten worden en dat in hun plaats een gereformeerd predikant benoemd diende te worden. Wel kreeg een pastoor die bij de bevolking goed stond aangeschreven de gelegenheid over te gaan naar "de nieuwe leer". Hij moest dan eerst worden geëxamineerd om vast te stellen of hij wel voldoende ontwikkeling had. Zulks was niet altijd het geval. Albertus Lanckhorst bijvoorbeeld, "paep" ofwel pastoor in Rouveen, was samen met zijn collega uit IJhorst opgeroepen door de Provinciale Synode in Zwolle, maar werd onbekwaam verklaard. Uiteraard waren er ook katholieken die bij hun geloof wensten te blijven en, zo bleek uit notulen van de Synode in 1598, heimelijk volgens de rooms-katholieke traditie in het huwelijk traden en hun kinderen lieten dopen. Eveneens in 1598 werd Overijssel verdeeld in classes. Staphorst, IJhorst en Rouveen kwamen daarbij onder de classis Zwolle, terwijl ze voordien nog onder Drenthe ressorteerden.
Eerste predikant
Als eerste predikant in Staphorst werd Antonius Fabritius benoemd, ook bekend als Antonius Smit-tius. Maar hij viel niet goed bij de bevolking, of misschien waren de Staphorsters in die tijd nog niet al te zeer ingenomen met de Reformatie of Hervorming. Hoe dan ook, voor Fabritius betekende dit dat hij door de bevolking slecht werd onderhouden. Vanuit de synode kreeg de schout, de hoogste gezagsdrager, opdracht de inwoner "met ernst aan te porren, dat den predicant te Staphorst sijn belooft onderhout op sijnen tijd sal becoomen" en wel zonder dat er verder moeilijkheden zouden worden gemaakt. In 1601 kreeg hij toestemming om te vertrekken naar Zwartsluis, mits hij de gemeente in Staphorst zo nu en dan nog bleef bedienen. Want daar, aldus de notulen, zou men anders niet aarzelen "eenighen papen de ooren te bieden." Heel geleidelijk namen de inwoners van Staphorst, IJhorst en Rouveen afstand van het rooms-katholieke geloof en werden deze dorpen overwegend protestant, in een grote variatie qua gezindheid.
