Kampen was van oudsher een gezagsgetrouwe stad, trots op zijn kerken en kloosters. Maar de politieke en religieuze landkaart was in de 16de eeuw aan het veranderen en daar kreeg ook Kampen mee te maken. Er was alom sprake van verzet tegen de pogingen van de toenmalige landsheer Philips II om een sterk centraal geleide regering ingang te doen vinden en zogenaamde ketterse stromingen hard aan te pakken.
Protesten
Kampen protesteerde samen met Zwolle tegen het centralisme vanuit het Brusselse bestuurscentrum. Burgemeester Arent toe Boecop reisde stad en land af om dit protest te laten horen. Vóór alles kwam hij op voor de rechten en belangen van zijn geliefde stad. Hij bleef een aanhanger van het katholieke geloof en het koninklijk gezag, maar neigde wel tot enige lankmoedigheid ten aanzien van Lutheranen en later Calvinisten. Het is tekenend dat er in het jaar 1566 geen Beeldenstorm plaatsvond in Kampen en andere Overijsselse steden. Het stadsbestuur heeft mogelijk zelfs overwogen om de Calvinisten een eigen kerkgebouw te gunnen.
Hartelijk ontvangst
De hertog van Alva volgde in 1567 Margaretha van Parma op als landvoogd namens Filips II. Hij was vast van plan het centrale bestuur in te voeren en bovendien volgens de orders van Madrid de protestanten het vuur na aan de schenen te leggen. Kampen was loyaal jegens Alva en ontving hem en zijn gevolg na de overwinning bij Jemgun (1568) op Lodewijk van Nassau op hartelijke wijze. Desondanks kwam er toch een klein Spaans garnizoen in de stad. Met veel moeite en de nodige penningen wist het stadsbestuur deze Spaanse ruiters weg te krijgen.
Veroverd
In 1572 sloeg Willem van den Berg, een zwager van Willem van Oranje, met zijn geuzenleger het beleg voor de "maagdelijke" (nooit ingenomen) stad. Dit was onderdeel van het strategisch offensief van Willem van Oranje om Alva en zijn leger definitief te verslaan. Arent toe Boecop organiseerde de verdediging en was overal als drijvende kracht aanwezig, maar de bevolking van Kampen stond niet meer als één man achter hem. De afkeer van de Spanjaarden als bezetters en de sympathie voor de geuzen waren gegroeid. Willem van den Berg leek ook nauwelijks voorwaarden te stellen aan de overgave. Alle rechten en privileges van de stad zouden gerespecteerd worden. Met dit vooruitzicht gaf de stad zich op 11 augustus 1572 gewonnen. Maar al spoedig gedroegen de prinselijke troepen zich even schandalig als eerder de Spaanse bezetters. Ook roofden zij kerkelijke kostbaarheden. Van de Berg verving diverse magistraats- en raadsleden. Hij gijzelde een aantal aanzienlijke bestuurders van de stad, onder wie burgemeester Arent toe Boecop. Een paar maanden werd hij vastgezet in het blokhuis te Genemuiden.
Spaanse bezettingsmacht
De Spanjaarden lieten niet met zich spotten. Don Frederik, de zoon van Alva, organiseerde een grote strafexpeditie en kwam richting Kampen. Nu werd Willem van den Berg zenuwachtig, vooral toen hij gehoord had wat er in Zutphen was gebeurd: als gruwelijk voorbeeld had Don Frederik de bevolking laten uitmoorden. Uiteindelijk verlieten Van den Berg en zijn troepen de stad. Sommige soldaten waren zo wanhopig dat ze hun wapenrusting in de IJssel wierpen. Arent wachtte tot hij "met ere" terug kon komen in zijn stad: de burgers zouden hem met een officieel verzoek hiertoe moeten uitnodigen. Eenmaal teruggekeerd in Kampen wilde hij niet samenwerken met de nieuwe, deels door Willem van den Berg benoemde raadsleden. Hij kreeg gedaan dat de oude raad van Kampen weer in ere werd hersteld. Samen met zijn vriend en schepen Coenraad van der Vecht ging hij meteen weer de belangen van zijn stad bepleiten bij de stadhouder en de bisschop in Deventer. Het was deels zijn verdienste dat Kampen niet werd bestraft, al moest het wel drie ingehuurde Duitse vendels huisvesten. Door de onzekerheid van bezetting en dreiging van een beleg in deze jaren stagneerde de handel en werd de stad in grote armoede gedompeld. In 1578 bracht de verovering door stadhouder Rennenberg Kampen weer aan de kant van Oranje. Schoorvoetend koos de stad evenals de rest van Overijssel voor de opstandige gewesten. De politieke rol van de diplomatiek begaafde burgemeester toe Boecop was hiermee uitgespeeld.
