In de winter van 1794-1795 trokken Franse troepen Nederland binnen. Deventer kreeg zo'n 6.000 vluchtende huursoldaten van geallieerde troepen binnen de muren. Op 2 februari 1795 trok een comité révolutionair onder leiding van Hendrik Arnold van Marle naar het stadhuis om het aftreden van de in 1787 aan de macht gekomen stadsregering te eisen, waaraan de zittende magistraat gehoor gaf. Aan het monopolie van de stedelijke regentenoligarchie kwam een einde. Een dag later trokken Franse huzaren Deventer binnen en bezetten zonder veel geweld de stad. Het opgetogen volk danste om de vrijheidsboom op de Brink.
Rutger Jan Schimmelpenninck
Een nationaal bekende figuur uit de Bataafs-Franse tijd is de in Deventer geboren Rutger Jan Schimmelpenninck. Hij was de zoon van een welvarende wijnkoper die aan de Brink woonde. Hij studeerde rechten aan het Deventer Athenaeum Illustre. De betekenis van Schimmelpenninck lag vóór 1796 in het formuleren van de ideologische basis voor de patriottenbeweging in heel de (zo verdeelde en federaal opgebouwde) Republiek. In 1796 werd Schimmelpenninck lid van de Nationale Vergadering (de toenmalige Tweede Kamer), enkele jaren later gevolgd door een ambassadeurschap in Parijs. De Franse keizer Napoleon benoemde hem in 1805 tot raadpensionaris van de Bataafse Republiek, maar toen Lodewijk Napoleon het jaar daarop koning van Holland werd, kwam Schimmelpennincks functie te vervallen. In 1811 kreeg hij van Napoleon een grafelijke titel. Later maakte koning Willem I hem lid van de Eerste Kamer.
Onder bewind van koning Lodewijk Napoleon en keizer Napoleon
Het stedelijk bestuur werd op Franse leest geschoeid. Een
college van burgemeester en wethouders vormde voortaan het bestuur
van de gemeente; de gemeenteraad hield toezicht. Hierdoor raakte de
aloude vriendjespolitiek en persoonlijke willekeur meer naar de
achtergrond. De invoering van een bevolkingsregister, de eenheid
van rechtspraak en het gebruik van uniforme maten en gewichten
waren belangrijke vernieuwingen die voor het hele land golden.
Verder kregen andere kerkgenootschappen dan de Gereformeerde Kerk
meer ruimte.
In 1809 bracht koning Lodewijk Napoleon een bezoek aan Deventer.
Tijdens een rondleiding door één van de Deventer koekfabrieken
smaakte hem de koek zo goed, dat hij wat extra bestelde. Toen hij
vervolgens wilde wegrijden zonder te betalen, hield de bakkersvrouw
haar hand op. Overigens betoonde Lodewijk Napoleon zich wel
vrijgevig waar het kunsten en wetenschappen betrof. Diverse kerken
kregen tijdens dit bezoek geld voor verfraaiingen en de
Athenaeumbibiotheek werd met drie kisten boeken verrijkt.
Ook keizer Napoleon bezocht Deventer, in oktober 1811. Die werd
heel wat minder hartelijk ontvangen. De mensen die als "klapvee"
werden ingeschakeld moesten een "juichende menigte" vormen en "Vive
l'Empereur!" roepen. Aangezien zij het Frans niet meester waren,
riepen zij: "Vive de Lamme zien breur!", want koning Lodewijk liep
enigszins mank.
Het einde van het Franse bewind
Nadat Napoleon verslagen was, kwam er in Deventer niet dadelijk een einde aan de Franse heerschappij. De stad werd in staat van verdediging gebracht. De vestingwerken werden hersteld en een garnizoen van zo'n 1.600 man werd in de stad gelegerd. Na een mislukte overrompelingspoging door de kozakken volgde de belegering van de stad. Alle gebouwen buiten de wallen werden systematisch vernield en de bomen van het wandelpark de Worp werden omgehakt. Het beleg duurde de hele, zeer strenge, winter. Er heerste hongersnood en brandstofgebrek en er dreigde voortdurend gevaar van beschietingen. Overigens bleef ernstig wapengekletter tussen de Fransen en de kozakken uit. Pas op 17 april 1814 werd er een wapenstilstand overeengekomen. 3 dagen later, nadat de Fransen gecapituleerd hadden, werd Deventer, als één van de laatste steden in Nederland, bevrijd door kozakken en Hollandse troepen. Op 26 april waren alle Franse militairen vertrokken.
