Een wezenlijk onderdeel van de rijke handelstraditie van Blokzijl vormt de beurtvaart. Vanuit Blokzijl werden aan het eind van de 19de eeuw en het begin van de 20ste eeuw beurtdiensten onderhouden op onder meer Steenwijk, Meppel, Zwolle, Kampen en Amsterdam. De benaming beurtschipper komt van het om beurten varen als meerdere diensten onderhouden moeten worden. Het voornaamste kenmerk van een beurtschip was regelmaat. Men wist precies wanneer zijn goederen op de plaats van bestemming waren aangekomen. Om als beurtschipper te mogen varen had men een vergunning nodig. Het meest gebruikte schip was een tjalk met een roef, later vaak een motorklipper.
Zeilschepen
Aanvankelijk waren het zeilschepen die Blokzijl met een aantal andere plaatsen verbonden. Beurtdiensten met een zeilschip, vooral op Amsterdam, waren niet altijd ongevaarlijk. Weer en wind maakten het varen soms moeilijk. Het eiland Schokland was een belangrijk toevluchtsoord, omdat het bij storm luwte opleverde. Maar het ging niet altijd goed. Zo kon schipper Spits in december 1875 de haven van Blokzijl niet binnenvaren vanwege laag water en moest hij buitengaats blijven. Hij ging met vrouw en kind van boord. Het schip raakte op drift, werd door het ijs lek gestoten en zonk voor de kust van Blankenham. In 1945 werd in de Noordoostpolder een wrak gevonden met marmeren platen aan boord. Deze lading wees uit dat het om het schip van Spits ging.
Van wind- naar stoomkracht.
In 1879 was er één stoomboot in de vaart, de Burgemeester Hartkamp van de Blokzijlsche Stoomboot Maatschappij. Deze werd beheerd door Gerrit Keur en voer op Steenwijk, Zwolle, Meppel en Zwartsluis. Het jaar daarop kwam er concurrentie. De bestuurders van het Hervormde Weeshuis besloten geld te investeren in een lijnboot. Daartoe richtten zij de Blokzijler Weezen Stoomboot Maatschappij op. Prins Maurits Weeshuis werd de naam van eerste boot van de maatschappij. Deze schroefstoomboot voer op maandag en dinsdag naar Steenwijk, op woensdag naar Zwolle, op donderdag naar Meppel, op vrijdag weer naar Zwolle en op zaterdag nogmaals naar Steenwijk. In afstemming met de Zwolse en Meppeler stoomboten werd ook nog op Amsterdam gevaren.
Major en Minor
Behalve voor goederen was er aan boord van de beurtschepen veelal ook ruimte voor passagiers en vee. Bijzonder winstgevend waren deze ondernemingen niet. Na 1883 liep het aantal zeiltjalken snel terug. Ook de "weezenstoomboot" was geen succes en werd in 1890 opgeheven. De Burgemeester Hartkamp heeft men tot 1916 in de vaart kunnen houden. Latere beurtvaartbedrijven waren eigendom van de firma Joontjes, Slump en Doeven. Bekende scheepjes waren de Major en de Minor van de firma Joontjes. Na de Tweede Wereldoorlog verdwenen de beurtschepen uit de haven van Blokzijl, doordat het wegverkeer hun plaats had ingenomen. Alleen de bootdienst tussen Blokzijl en Steenwijk is tot 1963 blijven bestaan.