Nieuw land
Vanaf de elfde eeuw groeide de bevolking van Nederland enorm. Er was dus extra land nodig om graan te verbouwen en vee te laten grazen. Ook de boeren rond het huidige Leidschendam-Voorburg legden nieuwe akkers aan, door in de omgeving struiken en planten te verbranden. De veengrond was echter te nat om zomaar in te kunnen zaaien. Er moesten dus afspraken gemaakt worden over de waterhuishouding.
Waterschappen
Dat gold niet alleen voor het huidige Leidschendam-Voorburg, maar voor heel Holland. Daarom splitste graaf Floris V aan het einde van de dertiende eeuw Holland in vijf aparte stukken die hij waterschappen of heemraadschappen noemde. Aan het hoofd stonden een paar wijze heren, de heemraden. Binnenlandse dijken vormden de grenzen tussen de waterschappen. Deze werden 'landscheidingen' genoemd.
Landscheiding
Bij Stompwijk en Veur lag op dat moment al een dijk, de Sijtwende. Doordat hij dwars door de Vliet liep, was daar de Leidsche dam ontstaan. Deze Sijtwendedijk werd nu onderdeel van de officiële landscheiding tussen de waterschappen Delfland en Rijnland. Voorburg en het zuid-westelijke stuk van Stompwijk en Veur hoorden voortaan officieel bij Delfland. De noord-oostelijke delen van Stompwijk en Veur vielen onder Rijnlands gezag.
Hoogheemraadschappen
De heemraden waren vanaf nu verantwoordelijk voor het waterbeheer. Zij hoefden natuurlijk niet eigenhandig waterkeringen aan te leggen. Dat deden de inwoners. Samen onderhielden zij de sloten, sluizen en dijken. En ze zorgden dat de Vliet diep genoeg bleef voor de scheepvaart. Degene met het meeste land betaalde de hoogste bijdrage én moest de meeste arbeid verrichten.
Zandschippers
Daarnaast hield het heemraadschap scherp toezicht op de zandschippers. Vooral na 1550 waren er veel zandschippers actief. In Voorburg ontstond zelfs een speciale zandschipperswijk, rond de Schoolstraat en de Kerkstraat. Ook de inwoners van Veur hielden zich bezig met het vervoer van zand, afkomstig van de oude strandwal. Dit werd gebruikt voor de aanleg en het onderhoud van wegen, of om te vermengen met de zware kleigrond zodat de boeren dit beter konden bewerken.
Turfstekers
Eén van de andere taken van de heemraden was het bepalen van de hoeveelheid veen die mocht worden afgegraven. Als er te veel turf werd gestoken, zou de omgeving van Stompwijk, Wilsveen en een deel van Voorburg in één grote waterplas veranderen.
Molens
De heemraden hielden ook een oogje op de molens. Vanaf de vijftiende eeuw verschenen er steeds meer windwatermolens, zoals de driemolengang bij Stompwijk en de Vliegermolen in Voorburg. Zij pompten het overschot aan water weg.
Polders
Het droogmalen van het land bracht helaas niet alleen maar voorspoed. In 1866, het jaar dat de Geer- en Kleine Blankaardpolder ontstonden, brak er een cholera-epidemie uit in Stompwijk. Het weggepompte water uit de polder dat via de Ommedijksche Watering in de Stompwijkse Vaart terechtgekomen was, bleek heel erg vervuild. Binnen vier weken overleed tien procent van de omwonenden.