De gespannen internationale situatie in 1939 werd ook in de Vechtstreek voelbaar. In augustus van dat jaar werden in Breukelen maar liefst 1400 reservisten ingekwartierd. Ze moesten logeren in scholen en andere openbare gebouwen, sommigen werden bij de bewoners in huis ondergebracht. Ze werden uitgerust met geweren uit 1870 en na een maand vertrokken ze naar hun stellingen in het oosten. Burgers zelf werden geronseld om deel te nemen aan de luchtwachtdienst, die op strategische punten werden geposteerd om vijandelijke vliegtuigen te signaleren. Met telefoonlijnen werd dan vervolgens de boodschap doorgegeven. Het mocht allemaal niet baten.
Na de Duitse inval in 1940 kwamen sommige van de soldaten, gewond geraakt in de slag bij de Grebbe, langs de Vecht weerom, gevolgd door Duitse troepen. De inwoners van de oostzijde van de Vecht werden op 14 mei nog naar Noord-Holland geëvacueerd, maar toen ze daar aankwamen, kregen ze al snel nieuws van de capitulatie. Het leven leek daarna zijn gewone gang te hernemen. Jongens die tegen de Duitsers hadden gevochten werden gedemobiliseerd en gingen weer aan het werk. Dat overkwam bijvoorbeeld Wim van der Kooij, die na gevechten bij Wassenaar tegen de Duitse parachutisten daarna weer aan het werk ging bij een spaarbank in Maarssen. Wim kwam wel in het verzet terecht en werd koerier bij de Landelijke Knokploegen. Die organisatie hielp onderduikers en pleegde sabotage. Vanaf november 1940 namelijk werden er anti-joodse maatregelen genomen, zoals het ontslag van joodse ambtenaren. De burgemeesters werden gedwongen bordjes met 'joden ongewenst' te plaatsen en later werden steeds meer plaatsen voor joden verboden.
Dat riep verzet op. In Oukoop en Spengen bijvoorbeeld werden wapens gedropt, die vervolgens door de ondergrondse in melkbussen werden verstopt. Soms werden aanslagen gepleegd waarbij vuurgevechten plaatsvonden. In Breukelen werd door verraad een onderduiker gearresteerd en overgedragen aan de Duitsers. Die schoten de knul even later 'op de vlucht' dood. Er waren meer vormen van anti-Duitse actie. De hongerwinter zorgde voor een uittocht van mensen, die met karren richting Zwolle en nog verder naar het oosten trokken, om eten te bemachtigen. Dat was niet ongevaarlijk: soms werden de langs de kolonne rijdende Duitse troepen beschoten door geallieerde vliegtuigen. Ook in de Vechtstreek had men met deze vliegtuigen te maken. Zo poogde en eskadron Engelsen het station van Breukelen te bombarderen. Een van de Engelsen stortte daarbij neer en kwam om het leven. Op meer plekken in de Vechtstreek zijn geallieerde vliegtuigen neergestort.
In 1945 werd uit het verzet de Binnenlandse Strijdkrachten (BS) geformeerd. Die moesten daar waar een machtsvacuum dreigde door het terugtrekken van de bezetter, de zaak in goede banen zien te leiden. De afdeling in Maarssen kreeg op 5 mei opdracht om strategische punten te bezetten. Tijdens een gewapend treffen tussen Duitsers en de BS ging het gerucht dat Wim van der Kooij krijgsgevangen gemaakt was. Even later kwam de waarheid boven. Hij was tijdens het vuurgevecht aan de Vecht omgekomen.
Vreedzamer verzet werd gepleegd door de Breukelse schoolmeester en dichter Kees Klap. Hij schreef artikelen waarin hij zich fel keerde tegen de NSB. Het gevolg was dat zijn werk door de Duitsers verboden werd. Kees wilde geen geweld gebruiken en besloot onderduikers te gaan helpen. Anders dan Van der Kooij overleefde de oorlog en werd daarna actief in de politiek.
