In de zomer van 1713 brak op het Utrechtse platteland runderpest uit. Dit was toen een nog vrijwel onbekend veeziekte. De ziekte bleef jarenlang heersen en duizenden runderen bezweken aan de epidemie. De gevolgen waren niet alleen de boeren in de dorpen te merken. Ook de stedelingen werden getroffen door schaarste van melk, boter, kaas en rundvlees. De prijzen stegen enorm. Omdat de huiden van de aan de ziekte gestorven dieren niet meer gebruikt mochten worden, hadden schoenmakers geen materiaal voor schoenen meer en leerlooiers geen werk.
Veel rijke inwoners en instellingen, zoals weeshuizen, bezaten landbouwgrond, Die grond werd verpacht aan boeren, maar die konden de huur niet meer betalen. Zo raakte de crisis ook de grondeigenaren, die ook financieel in de problemen kwamen. Zij konden vervolgens minder geld uitgeven en dat had weer gevolgen voor middenstanders en ambachtslieden. De crisis kwam bovendien niet alleen: het was een slechte tijd met stijgende belastingen en herhaaldelijke overstromingen.
Nadat de eerste epidemie in 1721 was uitgewoed, vond in 1744 een nieuwe aanval van de ziekte plaats. Opnieuw ging dat vergezeld door overstromingen, epidemieën en een grote muizenplaag op het platteland. Daardoor duurde het jaren voordat de situatie verbeterde. Veel rijke stadsbewoners zagen geen uitweg meer en verkochten hun grond. Tot 1867 volgden nog enkele nieuwe uitbraken van runderpest, met telkens dezelfde gevolgen. Tijdens de laatste uitbraak zette de regering het leger in en werd hard opgetreden tegen smokkelaars van zieke dieren.
Met de kennis van toen was de ziekte niet te bestrijden. De enige oplossing was quarantaine. Door beperking van de handel probeerde men de zieke dieren te isoleren. Dat was funest voor de beroemde Utrechtse veemarkten. Het stadsbestuur besloot in 1713 dat rundvee alleen via twee stadspoorten de stad in mocht komen: de Catharijnepoort en Wittevrouwenpoort. Bij die poorten werd streng gecontroleerd op zieke dieren.
De Staten van Utrecht gaven in 1768 opdracht aan medici van de Utrechtse universiteit om te onderzoeken wat er gedaan kon worden. Ook experimenteerde men met vormen van inenting. Toen in 1821 de Rijksveeartsenijschool in Utrecht werd opgericht (de latere Faculteit Diergeneeskunde van de universiteit), was dit de aangewezen partij om onderzoek te verrichtten, maar het duurde nog lang voor men een effectieve oplossing had. In de tussentijd deden kwakzalvers goede zaken met de verkoop van 'wonderdrankjes' tegen de runderpest en werden allerlei kruiden aangeprezen.
