Sinds de Romeinse keizer Constantijn (306-336) zich tot het christendom bekeerde, groeide de macht van christendom en Kerk in Europa. In de middeleeuwen werd het gezag van de katholieke Kerk onaantastbaar. Na 1300 nam in West-Europa de kritiek toe op de buitensporige leefwijzen van geestelijken en op hun uitleg van de Bijbel. In de 16de eeuw leidde deze kritiek tot een religieuze opleving, de Reformatie. Belangrijke vertegenwoordigers van de Reformatie werden onder anderen Maarten Luther uit Duitsland en Johannes Calvijn uit Frankrijk. In 1517 schreef de Duitse theoloog Maarten Luther zijn 95 stellingen, waarin hij zijn kritiek op de gangbare Bijbeluitleg uitte, en waarin hij een aantal misstanden aan de kaak stelde, zoals de handel in aflaten. Omdat Luther zijn kritiek niet wilde intrekken, werd hij in 1521 door de paus in de ban gedaan. Omstreek 1550 volgde de tweede reformatorische golf. Johannes Calvijn, predikant in Genève, keerde zich af van de katholieke Kerk. Hij ging nog verder dan Luther, die de Kerk nog door bisschoppen liet besturen. Calvijn liet de leiding van de Kerk over aan de door gelovigen gekozen kerkenraden.
Reformatie
In de 16de eeuw ontstond in Europa een breedgedragen protestbeweging tegen misstanden in de Katholieke Kerk. Critici als Luther als Calvijn hadden de bedoeling om de katholieke Kerk van binnenuit te hervormen. Hun geschriften werden door boekdrukkers (de boekdrukkunst was net vóór 1500 uitgevonden) verspreid. Ze werden ook in Twente door ontwikkelde mensen gelezen. Door de paus en andere kerkelijke leiders werd de Reformatie afgewezen en bestreden. Wat een hervorming van de Kerk had moeten worden werd een afscheiding. De Rooms-katholieke Kerk probeerde tijdens de zogenaamde Contrareformatie verloren terrein terug te winnen. Een aantal bekwame pausen en de nieuw gestichte Jezuïetenorde droegen hieraan bij.
De opkomst van het protestantisme in Denekamp
Vanaf 1597, het jaar waarin prins Maurits Twente min of meer in handen had, werd de basis voor het protestantisme in Twente gelegd. De gereformeerde classis van Deventer stuurde predikanten naar Twente om daar de nieuwe leer te verspreiden. In 1602 werd Valerius Rostorp tot predikant van Losser en Denekamp benoemd. Bij de terugkeer van de Spaanse troepen, kort na Spinola's inname van Oldenzaal in augustus 1605, vluchtte Rostorp met al zijn collega's weg uit Twente en kreeg Denekamp weer rooms-katholieke geestelijken. Gedurende het Twaalfjarig Bestand (1609-1621) bleef Oldenzaal in Spaanse handen en konden de rooms-katholieken op bescherming rekenen. Omdat het treurig gesteld was met de zielverzorging namen de kerkmeesters in 1613 Andreas Bruggink uit Wettringen aan tot hun zielverzorger. Hij was een zeer merkwaardig persoon. Als lutheraan kon hij goed overweg met de roomsen en de aanhangers van het protestantisme. "Hij hinkte op beide zijden." Dit hield hij ook nog vol toen de protestanten na de herovering van Oldenzaal door prins Frederik Hendrik (1626) in Twente de macht kregen. Ondanks het feit dat hij goed met zijn gemeenteleden overweg kon en de classis veel door de vingers zag en hem in 1626 zelfs "voor goet gekent" noemde, ontkwam Bruggink toch niet aan de zuivering. Omdat hij niet vrijwillig van zijn ambt afstand wilde doen, werd de kerk in mei 1633 in opdracht van de Staten voorlopig gesloten, en in het voorjaar van 1635 volgde de afzetting van Bruggink.
Predikantenfamilie Palthe
Op 8 oktober 1635 begon de protestantse predikant Gerhardus Palthe zijn werk in Denekamp. Hij trof slechts enkele protestantse gezinnen aan. Het merendeel van de analfabete bevolking hing tussen het roomse en het protestantse geloof. Als gevolg van de Munsterse oorlogen (1665-1666 en 1672-1674) kwam er een ommekeer. In die jaren kwam de kerk, tot twee keer toe, voor korte tijd, weer in rooms-katholieke handen. Predikant Palthe vluchtte naar vrienden, de familie Van Ittersum op het Huis Noord Deurningen, waar hij voor de protestanten bleef preken. Ten tijde van de tweede Munsterse bezetting overleed hij. Toen de legers van bisschop Van Galen waren afgemarcheerd, werd zijn zoon Johannes Palthe bevestigd als predikant. Hij bleef in zijn gemeente werkzaam tot zijn dood in 1702.