Wanneer men de Oude Kerk binnenkomt door de rijk gedetailleerde nis in de robuuste toren, zijn de twee forse pilaren in het midden van het schip het eerste wat opvalt. Hierdoor krijgt het schip een (zeldzame) verdeling in zes vierkanten. De steile gewelven lijken koepelvormig.
Schilderingen
Op één van de gewelfvlakken staat het jaartal 1482, vermoedelijk het jaar van de inwijding. De meeste gelovigen konden niet lezen. Daarom waren de muren beschilderd met kleurrijke afbeeldingen van heiligen en taferelen uit het leven van Jezus en de bijbel. Boven het koor is het Laatste Oordeel weergegeven met Christus als rechter met Maria en Johannes de Doper. Boven de deur naar de sacristie is Christoffel afgebeeld. Rond het hoofdaltaar zijn de apostelen gegroepeerd.
Himmelloch
In het gewelf vóór het koor bevindt zich geen sluitsteen, maar een sluitring rond een afgedekt gat dat werd gebruikt voor het naar boven hijsen van bouwmaterialen, ook tegenwoordig nog. Het gat werd tevens gebruikt als Himmelloch, een symbolische hemelpoort. Op Hemelvaartsdag werd een beeld van de verrezen Christus plechtig omhoog gehesen om te verdwijnen door het gat. Op Pinkstermorgen werd er een beeldje van een duif uit deze hemelpoort neergelaten, die de neerdaling van de Heilige Geest aanschouwelijk moest maken.
Een bijzonder glas-in-loodraam
In een glas-in-loodraam is Johan II van Welvelde afgebeeld. Hij was evenals zijn vader Otto een belangrijk financier van de bouw van de kerk. Naast hem is het wapen van Enschede te zien. Hij verkreeg de stad in onderpand van de bisschop van Utrecht toen hij hem in 1437 een aanzienlijk bedrag leende.
Altaren
De Oude Kerk telde oorspronkelijk drie altaren: het hoofdaltaar, gewijd aan Stephanus, en twee zijaltaren, gewijd aan respectievelijk Maria en de heiligen Nicolaas en Barbara. De altaarsteen van het laatstgenoemde is op het koor geplaatst. De twee andere altaarstenen zijn in de vloer gemetseld.
Sacristie
De sacristie is tegenwoordig in gebruik als kerkenraadskamer. In de westmuur ervan bevindt zich een zogenaamde piscina voor de reiniging van het heilig vaatwerk na de mis. Het spoelwater met de restjes van de geconsacreerde hostie en wijn liep via een afvoer naar buiten op de gewijde grond van het kerkhof. Zo liet men "Gods water over Gods akker lopen".
Protestantse invloeden
De zandstenen kansel is rond 1600 gemaakt in Westfalen en vormt het oudste relict van protestantse invloed in de kerk. De panelen en de deuren dragen teksten van Luther in een Oost-Nederlands en Münsters dialect. Het doopvont is in 1921 vervaardigd door de Bornse kunstenaar Herman Liedenbaum. Het oorspronkelijke doopvont staat vermoedelijk al heel lang in de Blasiuskerk van Delden. De kerk bezit zilveren avondmaalsbekers die gemaakt zijn in 1663 en 1765. In de doorgang tussen schip en toren staat een zwaar 18de-eeuws Bentheimer zandstenen offerblok met ijzeren beslag. De Oude Kerk bezat al in 1654 een orgel. Het huidige instrument van de Deventer orgelbouwer Johann Heinrich Holtgräve werd in 1841 geplaatst en telt 16 registers.
Kerkklokken
De oudste torenklok met een doorsnede van 112 cm dateert uit 1457. De twee andere klokken zijn in de 17de eeuw gegoten: één uit 1645 van François Hemony en één uit 1676 van Jan Fremi, met diameters van 124 en 96 cm. Zij vervingen waarschijnlijk twee oudere klokken die rond 1510 zijn geroofd.
Grafstenen
De vloer van de kerk is geplaveid met negentien grafstenen van de plaatselijke adel en voorname burgers. De oudste is van Geert van Welvelde uit 1504 in het koor. Hier zijn ook de latere Van Welveldes, Scheles en Van Hambroicks bijgezet. Het kerkhof besloeg oorspronkelijk het hele terrein van de huidige Pellenhof. Na de restauratie in 1920 zijn vele graven geruimd. De 51 overgebleven grafzerken zijn bijeengebracht rond de kerk; ze bedekken geen graven meer.
