Het moet een indrukwekkend gezicht geweest zijn toen in het voorjaar van 1568 een Spaans expeditieleger van Fernando Alvarez de Toledo, hertog van Alva, met duizenden soldaten de stadsbrug van Ommen overtrok. De legermacht was op weg naar Groningen om het rebellenleger van Willem van Oranje te bestrijden, dat even tevoren bij Heiligerlee zijn eerste overwinning had geboekt. De hertog van Alva verbleef enige tijd in Ommen, waarbij hij zijn soldaten buiten de Varsenerpoort legerde. Er bleef volgens een ooggetuige van de tuinen rondom de poort weinig over. De hertog en zijn gevolg gedroegen zich in de stad een stuk hoffelijker. Alva liet in de kerk zelfs een mis opdragen, die hij samen met de grootprior van Castillië bezocht. Op 21 juli versloeg hij het rebellenleger onder leiding van graaf Lodewijk in de slag bij Jemmingen.
Opstand tegen het Spaanse gezag
Het strijdgewoel van 1568 markeert het begin van de Tachtigjarige Oorlog, die uiteindelijk in 1648 in het voordeel van de opstandige Nederlandse gewesten beslecht zou worden. De opstand tegen de Spaanse koning Filips II kwam voort uit onvrede over zijn vernieuwingen van bestuur en rechtspraak en de bestrijding van protestantse groepen die een hervorming van kerk en geloof nastreefden. In 1556 hadden de Ridderschap en Steden van Overijssel bij Nieuwebrug vergaderd over de huldiging van Filips II als landsheer. Bij die gelegenheid lieten ze zijn stadhouder Aremberg weten ernstige bezwaren te hebben tegen het nieuwe hoge rechtscollege Hof van Kanselier en Raden. Van dergelijke "nijigheit" wilden ze in Overijssel niets weten, want het hof zou hun eigen macht beperken. Lange tijd weigerden de Staten van Overijssel openlijk partij te kiezen. Pas in 1578 schaarde men zich schoorvoetend aan de kant van de opstandelingen. Vanaf dat moment kwam Overijssel midden in de frontlinie van de vechtende partijen te liggen.
Belegering van de kerk
Het strategisch gelegen Ommen was geregeld het toneel van heftige schermutselingen. Spaanse en Staatse huurlingen stroopten om beurten het platteland af. Wanhopige boeren uit de wijde regio kwamen in 1580 zelfs in opstand tegen de Staatse troepen, waarbij ze onder een vaandel vochten met daarop een zwaard en een halve eierdop als symbool voor het weinige waar ze nog voor streden. Diverse buurschappen raakten geheel verlaten. De stad zelf moest diverse keren brandschattingen betalen om plundering te voorkomen. Niettemin plunderden Spaanse troepen in 1594 Ommen, mishandelden verschillende burgers en staken delen van de stad nadien in brand. Ook de kerk werd niet gespaard. In 1622 overviel een groep Spanjaarden de stad. Ze waren vanuit Twente op rooftocht geweest naar Friesland. Op de terugtocht zouden ze Ommen ook nog even kaal plukken. Prins Maurits stuurde inderhaast een troepenmacht. Een deel van de overvallen Spanjaarden verschanste zich in de kerk, maar werden spoedig tot overgave gedwongen.
Muntschat
Ommen kwam uiteindelijk zwaar berooid uit de oorlog tevoorschijn. Hoe onzeker deze tijd was voor de inwoners van Ommen bleek uit een toevallige vondst in 1959. Bij graafwerkzaamheden kwamen maar liefst 57 zilveren en bronzen munten uit deze periode aan het licht. Blijkbaar had een bewoner zijn spaargeld veilig willen stellen door het op de Hamsgoren, wellicht in zijn eigen groentetuin, ongemerkt te verstoppen. Om onbekende redenen heeft hij zijn geld niet meer kunnen opgraven toen het gevaar geweken was. De muntschat is als bewijs van deze woelige tijden te bewonderen in het Streekmuseum in Ommen.
