Sinds de Hervorming was de Nederduits Gereformeerde Kerk de officiële publieke kerk in Nederland, die vanaf 1816 de Nederlandse Hervormde Kerk werd genoemd. Maar de eenheid van de kerk stond onder druk. In oktober 1834 ondertekenden de Ulrumse predikant Hendrik de Cock en verschillende aanhangers een "acte van afscheiding en wederkeering". Zij wensten eerherstel en handhaving van de Dordtse Kerkorde van 1618 en noemden zich leden van de "ware Gereformeerde Kerk". De overheid weigerde aanvankelijk de nieuwe kerk te erkennen. De afscheiding kreeg ook in Nieuwleusen voet aan de grond. In december 1835 preekte dominee Anthony Brummelkamp, op doorreis in Nieuwleusen, voor een groep "seperatisten of afgescheidenen". Kort daarop schreef een groep van twintig mannen, vijftien vrouwen en 48 kinderen in een brief aan dominee H.J. Wolderink dat ze zich afscheidden van de Nederlandse Hervormde Kerk.
Emigratie
Op 18 april 1836 installeerde dominee Brummelkamp de gekozen
kerkenraad van de Christelijke Afgescheiden Gemeente. In 1844 werd
dominee J. Schuurman bevestigd als eerste predikant van de
gereformeerde gemeente Dalfsen-Nieuwleusen. In zijn woonhuis aan
het Westeinde hield de gemeente tot 1869 haar kerkdiensten. Vooral
in de beginperiode werden de Afgescheidenen achtervolgd en
gemolesteerd. Op 3 april 1847 emigreerden achttien personen uit
Nieuwleusen naar het Amerikaanse Michigan, waar ze zich bij de
kolonie van Ommer predikant Van Raalte voegden. Later volgden meer
emigranten die in Amerika een betere toekomst met meer vrijheid van
godsdienst hoopten te vinden.
In 1868 werd Harm Klaas Talen de eerste predikant van de
Gereformeerde gemeente van Nieuwleusen zonder dubbelfunctie met
Dalfsen. Hij schreef: "De plaats der samenkomst was daar achter in
een boerenhuis hetwelk daartoe wat ingericht was, waar ik en mijn
vrouw in het woonhuis woonden." Talen was de motor achter de bouw
van de gereformeerde kerk aan in de Kerkenhoek, die op 10 oktober
1869 in gebruik werd genomen. In 1940 werd aan de Burgemeester
Backxlaan een veel grotere kerk met pastorie in gebruik genomen,
die later de naam Ontmoetingskerk kreeg. De oude kerk werd verkocht
aan transportbedrijf Westerman en in 2001 afgebroken om plaats te
maken voor appartementen.
Scheuringen en fusies
Aan het einde van de 19de eeuw deed zich opnieuw een scheiding
voor binnen de Hervormde Kerk. Sympathisanten van Abraham Kuyper,
"de klokkenist der kleine luiden", stichtten in 1888 de Kerk van de
dolerenden in Nieuwleusen, ook wel Christelijk Gereformeerde Kerk
genoemd, met 39 belijdende leden. In 1890 deed H. Waterink er zijn
intrede als oefenaar. Zijn in Nieuwleusen geboren zoon Jan Waterink
(1890-1966) zou als buitengewoon hoogleraar pedagogiek grote
bekendheid krijgen. In 1893 gingen de dolerenden weer samen met de
gereformeerden.
In 1902 sloten opnieuw 21 leden zich aan bij de Christelijk
Gereformeerde Kerken en bouwden aan het Westeinde 36 het
Schuttenkerkje, genoemd naar de ouderling die de grond
beschikbaar stelde. Na een schorsing door de classis Zwolle ging de
gemeente in 1953 over naar de Oud Gereformeerde Gemeenten in
Nederland. In 1995 werd de gemeente opgeheven en in 2005 werd het
kerkje verbouwd tot woonhuis.
Rond 1915 verenigde een groep uit Nieuwleusen, Staphorst en Rouveen
zich in de Evangelisatievereniging Rehoboth. Zij
organiseerden bijeenkomsten in de cichoreifabriek van Cleef en
Stork aan de Dedemsvaart. In 1921 werd aan de Meeleweg 41 een
kerkje gebouwd. Dat hield als Gereformeerde Bondskerk een regionale
functie. De kerk telt nu 600 leden. De leden zijn niet meegegaan in
de PKN-kerkenfusie van 2004, maar vormden met anderen de Hersteld
Hervormde Kerk.
De komst van de Gereformeerde Kerk Vrijgemaakt in Nieuwleusen is
het gevolg van de landelijke kerkscheuring binnen de Gereformeerde
Kerk tijdens de oorlog. In 1946 volgde het Besluit tot vrijmaking
van de Gereformeerde Kerk van Nieuwleusen. In 1949 werd dominee H.
Scholte bevestigd en in 1950 volgde de ingebruikname van een eigen
kerkgebouw aan de Burgemeester Backxlaan 335. Tegenwoordig komt de
gemeente, die meer dan 700 leden telt, samen in De
Voorhof, die in 1998 werd gebouwd aan Burgemeester
Mulderlaan.