In 1939 heeft men in Nederlands het vermoeden dat er een oorlog uit zou kunnen breken en daarom neemt de regering voorzorgsmaatregelen. Een aantal van die maatregelen hebben betrekking op monumenten, waaronder de Sint-Jan. Een gebouw is moeilijk te beschermen tegen vallende bommen, maar alles wat in het gebouw is, kun je natuurlijk in veiligheid brengen. Zo moet ook het Rijksbureau voor de Monumentenzorg geredeneerd hebben toen ze op 4 april 1939 de Vereniging Crabeth aanspoorden een plan te maken voor het bergen van de glazen in de oorlog. Vandaag de dag zijn in de kerk nog overblijfselen van dit plan te zien. Wie de kerk binnenkomt door de hoofdingang onder de toren, ziet rechts van het orgel grote houten kisten staan. Het zijn die kisten die de glazen voor grote schade hebben behoed.
Hoe is dit plan precies in zijn werk gegaan? Niet slechts het Rijksbureau voor Monumentenzorg, ook het ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap drukt de beheerders van de glazen op het hart om een veilige plaats te zoeken voor de glazen. Dat is echter makkelijker gezegd dan gedaan. De glazen zijn opgebouwd uit allemaal kleine panelen van ongeveer een halve meter hoog en breed. Deze panelen zijn met cement in de raamsponningen vastgezet. Er zit niets anders op dan heel voorzichtig de panelen los te hakken, naar beneden te takelen en goed in te pakken in houten kisten. Ondanks dat de arbeiders heel voorzichtig te werk gaan, ontstaan er door het loshakken veel kleine scheurtjes in het glas. Alle scheurtjes worden per paneel zorgvuldig genoteerd.
De ramen ontmantelen is een ding, maar een ander probleem is waar de glazen naartoe moeten. Uit de notulen van de kerkmeesters, die dan de naam ‘kerkvoogdij’ dragen, blijkt dat men aarzelt om de glazen ‘de kerk uit te sturen’. Al honderden jaren torenen de glazen hoog boven de mensen uit en zonder deze glazen is de Sint-Jan toch een heel stuk minder fraai. Tijdens de Eerste Wereldoorlog is er een plan gemaakt om in de kooromgang een groot gat te graven en de glazen daarin op te slaan. Nederland blijft uiteindelijk neutraal, dus deze speciale kelder voor de glazen is niet gebouwd. Het plan ligt er echter nog wel en het geniet de voorkeur van de kerkvoogdij om in het koor een kelder te laten maken en de glazen daarin op te slaan.
Men ziet echter toch van dit plan af en vervoert de kostbaarste ramen naar bankkluizen. Ook de cartons zijn daar intussen veilig opgeborgen. In deze kluizen is echter geen ruimte voor de honderden kisten waarin de ramen van de Sint-Jan opgeborgen zijn. Een aantal van de ontmantelde ramen skaat men daarom op in boerderijen, bijvoorbeeld in ‘De Eendracht’ in Moordrecht.
Direct na de oorlog zijn de glazen weer teruggeplaatst en is de kerk in oude glorie hersteld. Al snel komt het toerisme weer op gang. Vandaag de dag herinneren alleen een aantal overgebleven kisten aan de ontmantelde staat waarin de Sint-Jan verkeerde gedurende de Tweede Wereldoorlog.
