Pada tahun 1933 Adolf Hitler terpilih sebagai penguasa di Jerman. Beliau adalah pemimpin Partai Sosialis Nasional Pekerja Jerman atau NSDAP, yang lebih dikenal sebagai Partai Nazi yang mempromosikan anti-Yahudi. Partai itu memanfaatkan ketidakpuasan rakyat Jerman akibat pelecehan yang diterima mereka setelah Perang Dunia Pertama. Hitler bermaksud menjadikan Jerman sebagai negara terkuat di Eropa. Pertama-tama beliau mengarahkan serangan ke Austria, Cekoslowakia dan Polandia. Lambat laun beliau merencanakan untuk menaklukkan penentang Jerman yang paling kuat di Eropa Barat : Prancis. Belanda dan Belgia akan diduduki dalam usaha Hitler untuk menduduki Prancis.
Pada pagi hari Jum’at, 10 Mei 1940, banyak penduduk Belanda terbangun oleh dengungan pesawat terbang, ledakan bom dan gemuruh tank. Para serdadu Jerman sudah menyeberang perbatasan. Perang sudah dimulai. Angkatan Bersenjata Belanda terlalu lemah untuk menghadapi serangan Jerman. Begitu Jerman membom pusat kota Rotterdam rata dengan tanah dan mengancam akan melakukan hal yang sama terhadap kota-kota lain, komandan militer Belanda memutuskan untuk menyerah. Kabinet dan Ratu telah mengungsi ke Inggris.
Pada awalnya, pendudukan tersebut tidak terlalu berdampak buruk, tetapi makin lama makin jelas apa makna pendudukan. Kaum pria Belanda dipaksa untuk bekerja di berbagai pabrik milik Jerman. Banyak orang juga dipenjarakan dan dikirim ke kamp konsentrasi tanpa proses hukum yang jelas. Kaum Yahudi khususnya dianiaya. Pihak Jerman mengangkut lebih dari seratus ribu pria, wanita dan anak-anak dalam kereta api barang dari Belanda ke kamp konsentrasi tempat sebagian besar dari mereka dihukum mati.
Pihak Jerman didukung oleh para anggota Gerakan Sosialis Nasional Belanda (NSB) yang mempunyai ideologi serupa dan orang-orang yang ingin mengeruk keuntungan. Pada sisi lain ada juga gerakan yang melakukan perlawanan, yang menjelang berakhirnya perang jumlahnya semakin besar. Sebagian besar rakyat Belanda umumnya anti-Jerman namun bersikap pasif.
Pada musim gugur tahun 1994, bagian selatan Belanda berhasil dibebaskan oleh pasukan Sekutu. Beberapa wilayah yang berada di bagian atas aliran sungai, khususnya kota-kota di propinsi bagian barat, harus menghadapi "penderitaan musim dingin" sebelum akhirnya juga berhasil dibebaskan. Kelangkaan bahan pangan menyebabkan puluhan ribu penduduk menemui ajal mereka. Pada bulan Mei 1945 komandan pasukan Jerman menandatangani surat penyerahan diri dan seluruh Belanda dibebaskan. Pada saat yang sama, Hindia Belanda masih berada di tangan Jepang yang akhirnya menyerah pada tanggal 15 Agustus 1945.
