De Reformatie begon als een poging misstanden binnen de Kerk weg te nemen. De zienswijze over wat moest veranderen en hoe dat moest gebeuren verschilde. Er ontstonden verschillende stromingen, ook in de Nederlanden. De poging van koning Philips II om met geweld de oude positie van de rooms-katholieke Kerk te herstellen riep weerstand op. De Calvinisten namen het initiatief. Zij stonden een kerkstructuur voor die van onderop was opgebouwd. Zij kregen in de opstand tegen het Spaanse gezag een bevoorrechte positie. Andere kerkgenootschappen werden gedoogd.
Predikant Josis Bertmannus
In 1590 verdreven de Staatse troepen van prins Maurits de Spaanse soldaten uit kasteel Rechteren, waarvandaan zij de omgeving hadden beheerst. Dit was het moment waarop de Reformatie in Dalfsen voet aan de grond kreeg. Hoe de Reformatie in Dalfsen verliep, is niet bekend. Wel bekend is dat er in 1591 een gereformeerde predikant, Josis Bertmannus, in Dalfsen was. Het middeleeuwse kerkgebouw, de Grote Kerk, was toen overgegaan in protestantse handen. Dit bleef zo, met een onderbreking van 1672 tot 1674. In die periode was de bisschop van Munster Bernard van Galen, bijgenaamd Bommen Berend, de noord-oostelijke provincies binnengevallen en werden er in de Grote kerk weer rooms-katholieke erediensten gehouden.
Gelijke rechten
Tijdens de Franse bezetting aan het einde van de achttiende eeuw kregen de kerkgenootschappen gelijke rechten. In het dorp Dalfsen duurde het nog tot 1859 voordat de Rooms Katholieken een eigen kerkgebouw stichten. In de Franse tijd kwam steeds meer de naam Hervormde Kerk in zwang in plaats van Gereformeerde Kerk. In 1816 stelde de overheid een reglement vast voor de Hervormde Kerk. De kerk werd daarin van boven af bestuurd. Verlichte ideeën kregen de overhand. Er vormden zich groepen, los van de kerk, die hun geloof op andere wijze wilden beleven. Dominee De Cock uit Ulrum in Groningen voelde zich aangesproken door de oude geschriften van de Reformatie en stelde zich teweer tegen de stromingen van zijn tijd. Dat leidde tot de Afscheiding in 1834. Tot ontsteltenis van de overheid sloten veel losse groepen en gemeenteleden zich daarbij aan. In Dalfsen was het een vrouw, Janna van der Werf, die het initiatief hiertoe nam. Zij was dienstmaagd bij de Zwolse familie Ridderinkhoff, geestverwant van ds. De Cock. Ze beheerde het buitenverblijf van deze familie, huize Hofwijk in Ankum. Daar kwam ook één van de groepen samen. Een tweede soortgelijke afscheiding volgde in 1886 onder leiding van de predikant-staatsman Abraham Kuyper. Ook deze beweging, de Doleantie, kreeg aanhangers in Dalfsen. Beide kerken, die van Afscheiding en Doleantie, gingen in 1894 samen en vormden de Gereformeerde Kerk van Dalfsen.
Opnieuw Afscheiding
Tijdens de Tweede Wereldoorlog ontstond in landelijk verband een ernstig conflict in dit Gereformeerde Kerkgenootschap rond een dogmatisch leergeschil. Dit veroorzaakte een scheuring. In Dalfsen sloten de predikant, ds. Kroes, en een groot deel van de gemeente zich in 1945 bij de Vrijmaking aan en vormden de Gereformeerde kerk onderhoudende artikel 31 van de geloofsbelijdenis, kortweg art. 31 of Vrijgemaakt. De behoudende reacties in dit kerkverband werden sommigen te sterk en zij vormden in 1966 de Nederlands Gereformeerde kerk. Na verloop van tijd vonden ook bij de Vrijgemaakt Gereformeerde kerk vernieuwingen en aanpassingen aan de dagelijkse leefomstandigheden plaats. In Dalfsen ging dit een groep kerkleden te ver. Zij vormden in 2010 een zelfstandige gemeente. Een tegenovergestelde ontwikkeling vond bij de Hervormde en Gereformeerde kerk plaats. Na een toenaderingsfase van 40 jaar vormden zij in 2004 een federatie, die landelijk in 2008 tot een fusie, ook met de Lutherse Kerk, leidde: de Protestantse Kerk in Nederland.